在面向临床应用的研究领域，庆应义塾大学的冈野荣之教授于2009年2月宣布，因脊椎损伤而无法行走的试验小鼠，接受诱导多能干细胞移植后的一个月左右时间重获行走能力。此项试验使用人类的诱导多能干细胞，首次证实该疗法的治疗效果。

东京大学的中内启光教授也在2月成功培养出诱导多能干细胞和血小板，血小板是血液的重要成分，可发挥凝血（阻止伤口流血的过程）作用。

3月，大阪大学的泽芳树教授宣布，他所带领的研究团队使用诱导多能干细胞成功缓解试验小鼠的心肌梗塞症状。该试验所用方法为，利用小鼠细胞培养诱导多能干细胞，使其分化为心肌细胞，然后将分化细胞薄层植入心脏。但是，在八只试验小鼠中，有四只小鼠的症状得到缓解，另外四只则引发了肿瘤。

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